Ziel des Gewässerentwicklungskonzeptes ist es, Unterhaltungs- und Ausbaumaßnahmen so zu lenken, dass die ökologische Funktionsfähigkeit mit möglichst wenig steuernden Eingriffen erhalten bzw. entwickelt werden kann. Zu diesem Zweck erfolgt zunächst eine allgemeine Darstellung der biotischen und abiotischen Verhältnisse des Planungsraumes (z. B. Böden, Klima, Hydrologie, Nutzungsartenverteilung, Schutzgebiete, relevante Arten und Biotope).
Auf Grundlage der naturräumlichen Gegebenheiten wird für jede Gewässerstrecke ein individuelles Leitbild entwickelt. Das Leitbild beschreibt den Ideal-Zustand eines Gewässers, der sich beim Ausbleiben der menschlichen Einflussnahme langfristig einstellen würde.
Damit liefert es den Maßstab für die Bewertung des Ist-Zustandes und gibt im Rahmen der Maßnahmenplanung die Entwicklungsleitlinien vor. Ein wesentlicher Bestandteil der Bestandserhebung ist eine systematische Gewässerstrukturkartierung (GSK). Außerdem werden Veränderungen und Eingriffe an den Gewässern erfasst. Aus dem Abgleich von Leitbild, Bestandssituation und daraus resultierenden Defiziten werden unter Berücksichtigung von einschränkenden Randbedingungen (Restriktionen), wie z. B. bestehenden Nutzungen und Rechten, die einer Herstellung des Leitbildes entgegenstehen, Entwicklungsziele abgeleitet.
Um diese Ziele zu erreichen, werden im Gewässerentwicklungskonzept entsprechende Maßnahmenvorschläge kartografisch dargestellt. Darüber hinaus werden Umsetzungshinweise mit Darstellung von in Betracht kommenden Förderprogrammen gegeben und eine Kostenschätzung durchgeführt. Ein Grunderwerbsplan zeigt für den Ankauf geeignete Flächen auf.
Während für Gewässer I. und II. Ordnung das Land Bayern zuständig ist, fallen die Gewässer III. Ordnung in den Zuständigkeitsbereich der Kommunen.
Das Gewässerentwicklungskonzept für Gewässer III. Ordnung sollte zumindest gemeindegebietsbezogen erstellt werden. Innerhalb eines Einzugsgebietes ist die Zusammenarbeit der betroffenen Kommunen und die Erstellung eines grenzübergreifenden GEK sinnvoll. In Bayern übernehmen die Wasserwirtschaftsämter die fachliche Begleitung und Steuerung der Förderungsmittel.
Die Gemeinden bzw. Wasser- und Bodenverbände können die Pläne selbst erstellen; in der Regel erfolgt jedoch eine Vergabe an qualifizierte Planungsbüros. Das Honorar wird nach HOAI § 31 festgelegt. Da die Honorarhöhe nicht linear zur Planungsgebietsgröße zunimmt, sondern mit zunehmendem Flächenumgriff pro Hektar kleiner wird, ist eine Bildung von Planungsgemeinschaften nicht nur aus fachlichen Gesichtspunkten, sondern aus Kostengründen sinnvoll.
In Bayern wird das Gewässerentwicklungskonzept (HOAI-Grundleistungen) gemäß RZWas 2005 derzeit mit bis zu 75 % bezuschusst. Die Gewässerstrukturgütekartierung ist verpflichtender Bestandteil und wird nicht extra vergütet.
In anderen Bundesländern gibt es andere Regelungen.