Auf Grundlage der festgestellten Defizite werden, unter Beachtung einschränkender Rahmenbedingungen, Maßnahmen ausgearbeitet, welche zu einer Abmilderung bzw. Beseitigung der Defizite sowie zu einer Verbesserung des gewässerökologischen Zustandes führen. Bei der Planung werden sämtliche Funktionen eines Gewässers berücksichtigt. Außerdem werden eventuell vorliegende Landschaftspläne, Flächennutzungspläne, laufende Flurbereinigungsverfahren, Naturschutzfachplanungen etc. in die Planung mit einbezogen, um Überschneidungen (Doppelplanungen) und Zielkonflikte zu vermeiden.
Die ausgearbeiteten Maßnahmen können behördenrechtliche Entscheidungen betreffen, aktive Gestaltung darstellen bzw. im Zusammenhang mit Unterhaltungsmaßnahmen realisiert werden. Die kartografische Darstellung der Maßnahmen kann dabei auf unterschiedliche Weise erfolgen.
Der nachfolgende Kartenausschnitt und die dazugehörige Legende zeigen eine Möglichkeit: